Školu je završio u Torunju, da bi nakon škole upisao Krakovsku Akademiju, na kojoj se po prvi put susreo s astronomijom.

Od 1491. do 1494. godine studirao je teologiju, matematiku, medicinu i astronomiju u Krakovu. Kasnije je upisao i studije prava i medicine na bolonjskom Univerzitetu i u Padovi. Kopernikovo obrazovanje je financirao njegov ujak nadajući se da će i on sam postati biskup. Međutim, na studijama Kopernik je nazočio predavanjima astronoma Domenika Marija Novara da Ferara i postao njegov sledbenik i asistent, a tek kasnije se vratio ujaku, koji je bio biskup crkvene kneževine na ušću Visle, da bi do 1512. godine, bio liječnik i njegov povjerenik.

Do kraja svog života, Kopernik je kasnije bio svećenik u Frauenburgu, gde je na jednoj od kula tvrđave, uredio opservatorij (Kopernikov toranj), s kojeg je promatrao nebeska tijela i njihova kretanja. Na temelju tih promatranja i rezultata napisao je djelo "O kruženju nebeskih tiela", u 6 knjiga i objavio ga u Nirnbergu 1543. godine, neposredno pred svoju smrt. Ovo delo označilo je revolucionarnu prekretnicu u astronomiji i potaklo brojna istraživanja i otkrića.

Nikola Kopernik se nikada nije ženio i nije imao djecu. Umro je 24. svibnja 1543. godine u Frauenburgu, u Poljskoj.